生石灰對提高水體pH值、改良水質、促進藻類繁殖起到定作用，水產養殖過程中經常使用生石灰殺菌消毒，調節pH值，但正常用量小，起不到殺毒抑菌作用。如用量不當或使用方法不正確反而有害。
生石灰是堿性藥物
①不能與二氧化氯、強氯精等含氯制劑混用，含氯制劑在水中分解呈酸性，與堿性相中和導致藥降低。
②不能與敵百蟲、硫酸銅、有機絡合物藥物同用，易產生拮抗作用。與敵百蟲混用易生成毒性較大的敵敵畏，造成魚類中毒；與硫酸銅混用易造成銅元素流失減少殺蟲藥；與絡合物有機物混用易生成絡合沉淀物。
③與氮肥混用水中易生成過量氨，使魚類易中毒；與磷肥混用易生成磷酸鈣沉淀，造成磷肥損失。
④鹽堿地等pH過高的地區慎用生石灰。
以上藥物及肥料的使用應在生石灰作用消失后，至少10天左右。
以下兩種情況禁用生石灰：
1、藻類豐富，pH值較高的水體，用后常引起堿中毒或藻類大量死亡，造成水質惡化，蝦蟹死亡等。
2、水臭時禁用，水臭常有大量的氨氮物質，生石灰使用后pH值迅速升高，會造成分子氮的迅速升高，毒性是原來的數百倍，引起氨中毒。
潑灑的時間可選在晴天下午3時以后，避免在晴天上午（水溫不穩定）及中午（水溫高）時段潑灑，及避免在陰天、天氣劇烈變化時潑灑，以免引起水質突變導致魚蝦應激反應，造成不必要的損失。
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